重症肾盂肾炎治疗后，仍有持续高热和血白细胞的显着升高，应警惕并发症的发生。尿路感染的主要并发症有：
(1)肾乳头坏死：是尿路感染的严重并发症之一，常发生于严重肾盂肾炎伴有糖尿病或尿路梗阻时，并可合并革兰阴性杆菌败血症，或导致急性肾功能衰竭。
(2)肾周围脓肿：常由严重的肾盂肾炎直接扩展而来(占90%)，致病菌多是革兰氏阴性杆菌，其中，以大肠杆菌较为常见，患者多有糖尿病、尿路结石等不利因素。病人除肾盂肾炎症状加剧外，常出现明显的单侧腰痛或压痛，患者向健侧弯腰时，可使疼痛加剧，X线、腹部平片、B型超声波、肾盂造影或肾断层照片有助于诊断。
(3)肾盂肾炎并发感染性结石：变形杆菌、粪链球菌等分解尿素的细菌所致之肾盂肾炎常可引起肾结石(占结石病因的15.4%)，称为感染性结石。这种结石成分以磷酸铵镁为主，结石的小裂隙内常藏有致病菌，因抗菌药不易到达该处，易导致尿路感染治疗失败。感染加上尿路梗阻，可导致肾实质较快破坏，从而使肾功能受到损害。
(4)革兰氏阴性杆菌败血症：尿路感染是革兰阴性杆菌败血症的主要原因之一，多发生于急性症状性尿路感染，特别是使用膀胱镜检查或使用导尿管后。严重的复杂性肾盂肾炎，特别是并发急性肾乳头坏死者也易发生革兰阴性杆菌败血症。偶可见于严重的非复杂性肾盂肾炎。革兰阴性杆菌败血症来势凶险，突然的寒战、高热，常引起休克，预后严重，死亡率高达 50%。但某些老年性前列腺肥大，或全身衰竭的病人，症状可不典型，临床上，可无发热和白细胞升高，应予以注意。
